Magtens Usynlige Spor er en barsk fortælling om to familiers liv i årene omkring Anden Verdenskrig, og om to mødres indsats for at bringe deres børn i sikkerhed, da Den Røde Hær nærmer sig deres hjem.
En bidende kold januardag i 1945 begynder deres dramatiske flugt gennem Tyskland fra henholdsvis Preussen og Polen. Den ene familie flygter over land. Den anden ser Østersøen som en mulig flugtvej. For nogen endte flugten i Slesvig. Andre nåede aldrig så langt.
Bog og foredrag er baseret på Aase Thomassens interviews med tre af de børn, som overlevede flugten. Deres erindringer giver ikke alene et indblik i flugten men også i den barske tid, der fulgte, i samlivet med forældre, der var mærket af krigen.